然而洛克人在哥萨克博士的帮助下很快就打败了威利机器人们,并且在攻入暗黑城后找到了暗黑人。尽管威利博士制作的暗黑人Ⅳ在一开始依靠着强大攻击力重创了洛克人,但是真正的布鲁斯却在危急关头忽然出现并且帮助洛克人打败了暗黑人Ⅳ,最后威利博士不得已在暗黑人系列全灭之后亲自出手对付洛克人。但是威利博士虽然连续使用威利压缩机以及威利**等兵器袭击了洛克人,但还是难逃被洛克人打败的命运。在被洛克人打败之后威利博士立刻就试图逃走,结果却不小心跑到了**莱特博士的房间。就在这时威利城堡的自毁系统忽然启动,而威利博士则趁着洛克人支撑坍塌的城堡之际逃出了城堡并且扬长而去。
但是洛克人在打倒莱特机器人们之后攻入了威利城,并且在打倒威利编号机器人们之后击败了艾卡。结果威利博士再度陷入必须亲自对抗洛克人的局面,最后又一次被洛克人粉碎了野心。
战斗结束后,威利博士按照惯例向洛克人土下座求饶,但是洛克人却表示自己不会再相信威利博士。看到洛克人不为所动,威利博士也站起身来叫嚣自己是败给了双重齿轮而不是洛克人。就在这时莱特博士带着
然而相信莱特博士清白的洛克人出动打败了被控制的机器人们,并且找到了可以作为莱特博士无罪证据的记忆回路。为了不让洛克人洗清莱特博士的罪名,威利博士闯进莱特研究所夺走了记忆回路,并且回到了威利城堡开始迎击洛克人。但是洛克人很快就闯进了威利城堡,并且迅速突破了威利博士设置的所有防线。
但是由于莱特博士已经给洛克人加装了与莱西**的能力,洛克人很快就将八台机器人全部打倒并且攻入X财团总部,在X财团**被打败的威利博士终于表露了自己的真实身份并且乘坐飞行器回到了自己已经建筑完成的威利城堡等待洛克人,最终威利在此期间趁机再度启动电脑开始计划下一步作战,而自己则在被洛克人打败后遭到了逮捕。
为了要打倒洛克人·阴影,洛克人与佛鲁迪暂时停战而再次携手合作。在打败次元战士的四名先锋之后,洛克人与佛鲁迪从布鲁斯口中得知,洛克人·阴影实际上是过去被洛克人击败过的来自未来的洛克人「昆特」的一个试作品。虽然他并没有被完成改造,但仍旧因为遭到了威利博士的**而失去控制。最终洛克人·阴影在亲自改造自己并使用未来的技术强化战斗力之后直接毁灭了自己所在的未来世界,然而由于在未来世界已经找不到能够打败自己的对手,因此带着名为次元战士的机器人军团回到了洛克人和佛鲁迪仍存在的时间点,希望能够让自己被打败。