魔法少女小圆 [新篇] 叛逆的物语漫画 ,被宇宙法则救赎的魔法少女,最终会化作宇宙法则的一部分,并且成为“神使”。而在晓美焰灵魂宝石内部的结界:演绎着往复的虚伪日常,杏子、麻美也被卷入其中,丘比试图观察的“宇宙法则”、即鹿目圆,失去了记忆、以凡人的身份毫无违和地融入了这一日常中,已经“消失”的沙耶加和百江又一次“现世”;与结界中鹿目圆的对话和丘比的阴谋,使晓美焰的心境也发生了重大转变,这一切导致了焰“叛逆”的觉醒,而她又恰好有对应的不确定性和力量,在恢复原本的“救赎程序”时,鹿目圆香依旧是那个来接引焰的鹿目
在那个时间线里,小圆和沙耶香早在小焰转学来之前就遇见了巴麻美和丘比,并变成了魔法少女。然而,在这个世界中,为了对抗强大的魔女「魔女之夜」,小圆不幸战死。对此悲痛欲绝的小焰,瞬间明白众人都被丘比所骗,于是向丘比许愿成为魔法少女,愿望是回到她与小圆认识的时候,并且不再依靠小圆,而是反过来守护小圆。于是,小圆成为了能操控时空的魔法少女。
此刻,丘比还在诱导小圆和沙耶香与自己签订契约、成为魔法少女。但在看到成为魔法少女付出的代价如此骇人后,陷入极度悲伤和恐惧中的两人都犹豫了。而这也是小焰在开始时警告小圆的目的:她不想让她也成为可能丧失一切的魔法少女,她美好的生活无法承担这些代价。然而,小圆并不理解为什么小焰一定要阻止自己而不是别人。
如今,小圆如小焰所希望的那样没有变成魔法少女,而小焰则知道:在如今这条时间线里,强大的「魔女之夜」即将来到,而如今这里的魔法少女只剩小焰,她决定只身对抗「魔女之夜」。她誓死要保护小圆,因为小圆是她唯一的朋友。
然而,「魔女之夜」太过强大,小焰完全不敌,并险些战死。而这时,小圆挺身而出,决定拯救小焰。她虽然在此之前没有变成魔法少女,但却在一次次冒险和历练中领悟到了责任与羁绊的含义。她决定违背小焰的意志,向丘比许愿成为魔法少女。而她的愿望,堪称人类作为魔法少女最伟大的愿望:
就这样,《魔法少女小圆》剧版的内容到这里就正是结束了,此外还有剧场版《叛逆的物语》,主要讲的是小焰的故事,这里就不多加赘述了。