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关于进化有两种不同的说法，一种是拉马克的进化论，一种是达尔文的进化论，这两种进化论对进化的解释是完全不同的，我们对病毒进化的结果的判断，完全取决于你更信奉哪种进化论说法。
达尔文进化论并没有涉及生命的化学进化阶段，它所探讨的仅仅是生命的生物进化过程。而生物进化过程又可以分为“微进化”和“大进化”两种类型。所谓微进化是指局限于物种内部的进化，此时生物体虽然发生了某些变异，但这种变异尚没有导致新物种①的产生。而大进化则是从一种生物变化成为另一种生物的进化。
达尔文本身是无意挑战当时的宗教，但是它在自然界的研究不得不让他相信自己的研究成果。之后达尔文的物种起源就有着两边人派，一个是支持达尔文，相信所有生物都是自然选择的结果，另一个就是反对进化论，相信人是上帝创造的神创论。达尔文在那个时期承受着巨大心理压力。达尔文先进的言论就跟当初的哥白尼和伽利略有着相似之处。哥白尼的日心说把地球从宇宙的中心推了出去。达尔文一时间遭到许多人的嘲讽，说，你的祖先是猴子吗？为什么现在猴子没有进化成人类？
在达尔文出版《物种起源》的时候，全世界还有很多化石床没有被仔细搜查过。当时的人们可能也不知道到底要寻找什么东西。而现在古生物学家已经普遍接受了进化论，并根据进化论的推测搜查了更多的新化石床，且着意去寻找那些能够将不同物种联系起来的共同祖先。这样一来，是否只要假以时日，化石记录缺陷的问题就会有所改观，越来越像达尔文所预料的那样呢？某些持进化论观点的学者是这样认为的，他们认为现在人们找到的化石已足以证明进化论是真实不虚的。如杰里.科因在《为什么要相信达尔文》中说：
人类的起源一直是我们好奇的问题，因为达尔文的进化论缺少很多关键证据，而这些证据是证明物种进化的关键。达尔文的进化论是目前我们的主流的假说。那我们今天就用科学来证明科学不是科学。
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