在那个时间线里,小圆和沙耶香早在小焰转学来之前就遇见了巴麻美和丘比,并变成了魔法少女。然而,在这个世界中,为了对抗强大的魔女「魔女之夜」,小圆不幸战死。对此悲痛欲绝的小焰,瞬间明白众人都被丘比所骗,于是向丘比许愿成为魔法少女,愿望是回到她与小圆认识的时候,并且不再依靠小圆,而是反过来守护小圆。于是,小圆成为了能操控时空的魔法少女。
一开始杏子还只是防御,在魔女化的沙耶香攻击了小圆后,杏子终于放弃了,让赶来的小焰带走了小圆,而自己则和沙耶香同归于尽。
然而,「魔女之夜」太过强大,小焰完全不敌,并险些战死。而这时,小圆挺身而出,决定拯救小焰。她虽然在此之前没有变成魔法少女,但却在一次次冒险和历练中领悟到了责任与羁绊的含义。她决定违背小焰的意志,向丘比许愿成为魔法少女。而她的愿望,堪称人类作为魔法少女最伟大的愿望:
宇宙重组后,沙耶香和小杏成为了最要好的朋友。守序**的丘比并没有死去——它可能不会赢,但永远不会是输家。这个世界中,虽然魔女不复存在,但人们内心中的负面情绪仍无可发泄,于是它们自己野蛮生长,成为了魔兽。于是,在复活并忘却了小圆的沙耶香、小杏、巴麻美与魔兽作斗争的同时,小焰也在暗处不断击败魔兽,维护正义和自己与小圆的约定。
于是时间倒退回一个月前,小焰也因为这个许愿获得了与时间有关的魔法能力。在一次次相遇中小焰逐渐对自己的魔法有了很强的掌握能力,可是,小圆总是会在魔女之夜战死。一次次的失败让小焰逐渐绝望,但是她还不能绝望,因为她还没有拯救小圆。