为了在实践中执行ISM,给定一个长度为L的输入DNA序列X,选择输入序列中的每个索引(核苷酸),并且对于三个替代核苷酸中的每一个,只更改第i个位置中的条目即可生成新序列。模型对替代序列和原始序列的预测之间的差异通常称为归因得分。对所有核苷酸重复**会产生一个称为属性图的4×L矩阵,它可以显示为序列标志(图3a)。与其他基于归因的方法相比,该******的结果。
4.基因组的重复序列少而短:原核生物基因组存在一定数量的重复序列,但比真核生物少得多,重复序列一般为******,重复程度十多次、上千次不等。
为了导航序列空间,通常应用称为定向进化的迭代搜索过程,其中生成成批的随机序列并筛选感兴趣的功能或属性。然后将最佳序列转移到下一轮文库生成和选择。实际上,这相当于使用「爬山」方法搜索序列空间,因此容易受到可能掩盖更好序列发现的局部最大值的影响。蛋白质设计的其他方法包括基于结构的设计,其中理想的结构是先验选择的,任务是使序列适合设计。
该模型迅速生成了100万个序列。研究团队根据它们与天然蛋白质序列的相似程度,以及AI蛋白质的潜在氨基酸“语法”和“语义”的自然程度,选择了100个序列进行测试。
行为识别是识别时间序列数据中的行为或动作的任务。RNN可以通过学习时间序列数据的序列信息,对不同的行为或动作进行识别。具体地,可以将时间序列数据作为输入序列,通过训练RNN模型,使得模型能够对不同的行为或动作进行分类。
词典排序:序列是逐个元素比较的。第一对不同的对应元素决定了序列的顺序。如果序列的长度不同,而且短序列和长序列的初始元素序列匹配,那么短序列小于长序列。长度相同而且对应元素都相等的两个序列是相等的。空序列总是小于非空序列。