为了救出莱特博士,洛克人再度入侵了威利城堡,并且在打败威利博士之后找到了莱特博士。然而,威利城堡却忽然开始崩塌,洛克人虽然顶住了坠落的天花板但也因此而动弹不得。就在这时,天花板忽然仿佛被支撑住一般不再坍塌,洛克人与莱特博士则趁机逃出了城堡。
为了阻止威利博士的野心,洛克人在卡琳卡的协助下很快就入侵到了威利城的**,并且在密道尽头再度打败了威利博士。但威利博士却在跪地求饶时启动暗门逃走并启动了城堡的自毁系统,最终洛克人只能立刻逃出威利城堡。在离开威利城后,洛克人发现威利博士已经驾驶飞行器逃到远方,最终洛克人只能就这么回到莱特研究所。
“如果大家不信,可以去地下室看看,地下室通道开关在一楼教室,第二排桌子靠窗的位置,密码是02965。我们费了很大的力气打通了一条逃出去的出口,也在地下室里,一切的真相,都在地下室里。”
然而洛克人在哥萨克博士的帮助下很快就打败了威利机器人们,并且在攻入暗黑城后找到了暗黑人。尽管威利博士制作的暗黑人Ⅳ在一开始依靠着强大攻击力重创了洛克人,但是真正的布鲁斯却在危急关头忽然出现并且帮助洛克人打败了暗黑人Ⅳ,最后威利博士不得已在暗黑人系列全灭之后亲自出手对付洛克人。但是威利博士虽然连续使用威利压缩机以及威利**等兵器袭击了洛克人,但还是难逃被洛克人打败的命运。在被洛克人打败之后威利博士立刻就试图逃走,结果却不小心跑到了**莱特博士的房间。就在这时威利城堡的自毁系统忽然启动,而威利博士则趁着洛克人支撑坍塌的城堡之际逃出了城堡并且扬长而去。
躺在地上的小胖开始有了呼吸,这呼吸粗重费力,而后他睁开了眼睛,无力嘶哑的声音从喉咙里发出来:“于,于哥,快逃,快从,地下室里逃出去!”说完他就咳嗽起来。