由莱特博士所制造的机器人——洛克人阻止了神秘的**天才机器人学者威利博士征服世界的野心,并且使得世界再次恢复和平。
在莱特博士制作的超级机器人洛克人的活跃下,**天才科学家威利博士征服世界的野心一再被阻止,世界也恢复了和平。但是威利博士并没有放弃征服世界的计划,他再一次袭击了莱特研究所改造了莱特博士的工业用机器人们,并且打造了新的机器人军团再次开始征服世界。
西元20XX年,在洛克人的活跃下,威利博士征服世界的野心接二连三地被阻止,世界再次恢复了和平。为了要防止威利博士再一次发动征服世界的计划、或者是出现第二个、第三个跟威利博士一样**的科学家,因而组织了以守护和平为宗旨的世界机器人联盟。
在一个风景秀丽的小岛上,**天才奎迪博士正在策划一个惊人的阴谋。他将制造成千上万的机器人来征服世界。一群正直的王牌特工前去阻止计划,却在途中被一架飞机撞毁而被迫分散。玩家将从坠机海滩出发,深入岛屿进行探索,打败各种形式的鹰博士和狗博士,寻找失踪的队员,阻止**博士的计划,拯救世界。
预告中,新角色凯西琼斯登场,声称自己来自未来。在未来,外星种族毁灭了整个地球,就连忍者神龟也败下阵来,莱昂纳多大师派他穿越回过去找到毁灭世界的“钥匙”并阻止**外星种族的**——朗格。