人类与机器人和平共存的城市「交响曲市」受到了名为「次元战士」的神秘机器人军团袭击。根据逃出城市的目击者的证言,带领这群拥有压倒性战力的次元战士的,是一个与洛克人非常相似,却有著被破坏的力量操控的**气息的机器人。
在威利机器人团灭之后,威利博士派出了昆特试图除掉洛克人。但是洛克人却打倒了昆特,没有办法威利博士只能立刻弃城而逃并且来到了威利基地,并且驾驶着自己花费了大量成本制作的威利机器袭击了洛克人。然而威利博士耗费精力制作的威利机器还是没能打倒洛克人,没有办法威利博士只能开着驾驶舱立刻逃出了威利基地。可是洛克人却复制了威利机器的追踪飞弹,并且使用追踪飞弹击坠了威利博士的驾驶舱。
然而,好不容易才逃出了陷阱的洛克人却在威利城的深处遭遇到了意料之外的敌人,来自未来世界的自己。面对着被改造的未来洛克人,洛克人终于得知威利博士原本计划要利用时光机器回到过去除掉还是家用机器人的洛克,但因为时光机器是只能前往未来的试作品,所以威利博士就改变计划前往未来的世界,并且把未来世界的洛克人改造成了自己的手下「昆特」。
与此同时,莱特博士认定这次的事件又是威利博士在背后操纵,并且派出了洛克人出发前往各个被破坏的城市击退机器人军团,并且寻找妨害电波的来源。在机器人军团都被打倒之后,洛克人根据线索来到了威利城,并且打倒了威利博士派出的庞克。而威利博士则在庞克被打败之后召唤出了海底的威利基地,同时驾驶着新的威利机器向洛克人发起了攻势。在被洛克人打败之后,威利博士立刻就驾驶着逃生舱逃出了即将沉入海底的威利基地,但是逃生舱刚飞出基地没多久就忽然出了故障,最后直接掉进了海里。
在击败威利军团的先遣部队之后,被洛克人回收的外星机器人却忽然醒来并且在销毁洛克人回收的黑暗能量样本之后逃出了莱特研究所。追上去的洛克人在一座不明要塞的入口找到了对方,而外星机器人则在一番争斗后因为察觉洛克人身上没有**力量而停止攻击并进入了要塞。就在这时,布鲁斯忽然出现并表示这里是威利博士的大本营。跟着外星机器人到达深处的洛克人在到达威利塔外围时却遭到了巨人三巨猿的伏击,就在危难时刻外星机器人出现救下了洛克人与莱西。由于察觉洛克人也在对抗**能源,外星机器人表示自己名字是「