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日语的起源一直争论不断，明治时代的日本人把日语划为阿尔泰语系，此说法已经普遍遭到否定，默·赫尔伯特和大野晋认为日语属于达罗毗荼语系，西田龙雄认为日语属于汉藏语系，白桂思认为日语属于日本-高句丽语系（即扶余语系），列昂·安吉洛·塞拉菲姆认为日本语言和琉球语言可以组成日本语系。有一种假设认为南岛语系、壮侗语族和日本语系可以组成南岛-台语门，即认为三者都有共同的起源。