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而肠道中的菌群分为有害菌和有益菌，如果有害菌过多的话就会刺激肠道受损，所以说服用一些益生菌有利于维持肠道内部菌群的平衡，有利于保持肠道的健康。
有害菌和肠道内的其他共生菌共同构成菌群微生态，如果有害菌过多，通常我们可以通过服用益生菌或益生元的方式首先增加有益菌的比例，相应的有害菌比例就会降低。
首先，益生菌能抢占有害菌在肠道中的生存空间，不断生长发育，在扼制有害菌发育壮大的同时，分泌具有杀灭有害菌活性的物质，令有害菌节节败退；其次，益生菌的分泌物质可以进入人体血液系统，使得**的免疫淋巴细胞产生足量的免疫蛋白；益生菌能够分泌“抑菌肽”与“细菌素”、丁酸等物质，相当于既给肠道一支应对有害菌的“军队”，又保障了战斗的后勤补给。最后，益生菌可以在肠道内定植，和有害菌斗争，维护菌群平衡，同时可以刺激肠道**免疫组织保持活力。
在我们的肠道里，还有中间菌和有害菌。前者是与宿主共栖的条件致病菌，为肠道非优势菌群，如肠球菌、肠杆菌，在肠道微生态平衡时是无害的，但在特定的条件下这些菌群具有侵袭性，致病性；后者为病原菌，也称有害菌。
怎么样能给益生菌提供一个好的环境呢？一、减少有害物质对肠道的伤害，如激素抗生素药物类对菌群的伤害特别是益生菌；二、多补充一点益生菌的食物，简单一点就是蔬菜蔬果，蔬菜水果里面还有大量的膳食纤维，不光是益生菌的食物还可以帮助肠道通畅防止便秘（便秘可以导致有害菌大量增加，有益菌大量减少的）；
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