未知的年代,神给世人以天罚——第一次浩劫(First Impact),七日七夜的洪水中只有两个人乘诺亚方舟活了下来。 1999年,冬月与碇唯在京都大学相识。不久之后,六分仪源堂和冬月相识。当时源堂和唯已经在交往中。源堂一边接近唯,同时也一边接触她背后的组织Seele。 2000年9月13日,第二次浩劫(Second Impact)发生。在南极##上发生了一起给地球带来巨大浩劫的异变,造成海面水位上升、地轴扭曲。如同恐龙灭绝的传说,巨大的陨石撞击地球之后灰尘遮盖天空,造成全球性气温下降。经济崩坏、民族纷争
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