平凡的小学3年级女生奈叶,在一次偶然的情况下遇到了来自异世界的尤诺,从而掌握了魔法的力量。在围绕着异世界的神秘遗产的战斗中,她与引领自己得到魔法能力的尤诺成为了好朋友,结识了一起为自己的战斗提供支援的时空管理局的人们,并且与异世界的少女菲特在曾经的战斗中结下深厚的友情。战斗结束后,半年过去了,奈叶一边在宁静的生活中继续练习着魔法,一边期盼着和朋友们的再会。突然有一天,她遭到了神秘人物的袭击,在随后出现的菲特的帮助下,两人终于击退了敌人,可是奈叶的魔力却被夺走了。原来这是一群阴谋计划完成禁断的魔导书“暗之书”