在KING被洛克人和佛鲁迪打败之后,威利终于表露真正目的并且使用强化装置强行控制并强化了KING与洛克人和佛鲁迪再战,而自己则趁机回到研究所深处启动自己早就制造完成的威利幽浮,在KING战败后威利驾驶着威利幽浮袭击了洛克人与佛鲁迪,但最终败在了二人合力之下。事件结束后威利被佛鲁迪带到另一个藏身处兴师问罪,就在佛鲁迪考虑要不要收拾威利博士时,威利为了安抚佛鲁迪而声称自己实际是为了测试佛鲁迪的能力才制造KING和这一系列的难关(虽然佛鲁迪完全不信),同时表示自己已经完成了K********设计图,试图让两人成为最强组合并打败洛克人,但是布鲁斯却突然闯入藏身处破坏了设计图。
随后威利博士在4台机器人攻入监狱后顺利逃狱,同时威利博士也命令佛鲁迪伪装成和自己为敌的机器人,最终佛鲁迪在获取洛克人等人的信任后顺利的进入莱特研究所夺走了莱特博士的所有技术资料,与此同时威利博士也彻底的获取了洛克人的所有性能信息。最终威利顺利的完成了超级佛鲁迪的设计,并且开始了第7轮世界征服。
但是同样强化的洛克人在击败佛鲁迪后立即就攻入威利城**打败了威利**七号,战败后洛克人为了不再重蹈覆辙,决定彻底的解决威利博士,就在这时佛鲁迪现身让柯斯贝尔带走了威利,但时佛鲁迪已经因为连续败给洛克人,变得以将打败洛克人为最主要目的,为此能够无视威利的命令。
因为交响曲市遭到了自称为「洛克人·阴影」,神似洛克人的机器人带领的机器人军团的攻击。威利博士因此派出佛鲁迪前去调查,最后得知洛克人阴影的真实身份是过去被威利博士废弃掉的昆特的试做品。
想出了大量编号机器人来对抗洛克人的作战,但反而让布鲁斯和佛鲁迪都加入了战斗。为了要反制不听自己命令的佛鲁迪,威利博士也开始计画制作可以同时对抗二人的机器人(
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